Assassin’s Creed: Shadows pozwoli graczom większość czasu grać jedną wybraną postacią. Pomiędzy Naoe i Yasuke może być przełączanie się w dowolnym momencie. Gracz ma możliwość wyboru, czy chce grać tylko jedną postacią przez większość gry. Nikt nie jest zmuszany do przełączania się między nimi.
Misje fabularne są dostosowane do jednego lub drugiego bohatera, jednak grający decydują, kim chcą sterować w danej chwili. Środowisko gry jest idealne dla Naoe, która działa w ukryciu, wykorzystując otoczenie do cichej eliminacji wrogów. Jednak gracz ma również możliwość wcielenia się w Yasuke i prowadzenia walki w sposób bardziej bezpośredni.